在教學方面,學生在大一、大二時,會修習音樂理論學科(和聲學、曲式學、對位法、音樂基礎訓練、管弦樂法),以及紮實的音樂學(西洋音樂史)課程,透過上述兩類課程奠定學生良好基礎。到了大三、大四則會增加各組別專業課程,如:鋼琴 / 弦樂 / 管樂 / 擊樂曲目概論、藝術歌曲概論、聲樂語韻學、鋼琴 / 管樂 / 敲擊樂教學法、指揮法等。此外除了主修樂器的課程外,也有「舞台藝術」、「藝術行政」、「吉他團體課」、「肢體開發」、「直笛團體課」、「世界音樂」等音樂相關課程。
除上述課程外,東海音樂系自106學年度起設立音樂治療學分學程,提供全校學生修習。107學年度起首創了全台第一個日間部碩士班音樂治療組,自113學年度起招收第一屆日間部學士班音樂治療組,期許音樂治療的人才能夠向下扎根。而現代科技的日新月異,數位音樂的發展已成趨勢,因應此潮流,本系也開設了「電腦音樂」的課程。在2022年下半年,本系設立了「聲響實驗室」,由許德彰老師帶領學生透過數位科技與音樂結合,創作出新潮流的現代音樂。該課程現由賴奇霞老師授課。
東海大學音樂系聲響實驗室